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與刑事訴訟當事人不需繳納裁判費不同，台灣的民事訴訟制度係採付費制，原告於起訴時須按「訴訟標的價額」依相關規定計算裁判費及繳納之，法院方受理訴訟。所謂「訴訟標的價額」，係指訴訟標的物於起訴時之交易價額，或原告就訴訟標的所有之利益。依據民事訴訟法規定，裁判費及其他訴訟費用，應由敗訴之當事人負擔，於若部分勝訴、部分敗訴之情況，法院會於判決中交代彼此應負擔之比例。
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專利侵權訴訟亦屬民事訴訟，原告於起訴時亦需繳納裁判費；故裁判費之多寡，亦是原告評估是否起訴時需考量之因素。一般而言，專利權人於起訴時至少會主張請求權，一為損害賠償請求權，二為侵害防免請求權。前者的「訴訟標的價額」即為所主張之損害賠償金額，但後者係要求被告不得為侵害行為，此請求之內容並無具體價額，故法院應如何核定其訴訟標的價額，迭成為問題。雖然民事訴訟法第77條之12規定：「訴訟標的價額不能核定者，以第466條所定不得上訴第三審之最高利益額數加十分之一定之」（按：目前不得上訴第三審之最高利益額為新台幣150萬，故依此規定所定之訴訟標的價額即為新台幣165萬元），但過去仍常見被告主張「侵害防免請求權」之訴訟標的價額並非不能核定者，一再請求法院調查及確認「侵害防免請求權」之價額，導致法院遲遲無法進入實質審理，造成訴訟延宕。
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再者，於專利權人同時主張損害賠償請求權及侵害防免請求權時，其訴訟標的價額是否需併算，或擇一計算，亦是過去專利訴訟實務中之一難解爭議。由民事訴訟法第77條之2有關「以一訴主張數項標的者，其價額合併計算之。但所主張之數項標的互相競合或應為選擇者，其訴訟標的價額，應依其中價額最高者定之。以一訴附帶請求其孳息、損害賠償、違約金或費用者，不併算其價額」規定可知，上述問題的爭執點在於：專利訴訟中的損害賠償請求權與侵害防免請求權間，是否應認為有「附帶」關係；若有，則無需合併計算。此說對於作為原告之專利權人而言，較為有利。
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最高法院於2008年12月11日作成之97年度台抗字第792號裁定中，認為侵害防免請求權及損害賠償請求權，雖係依專利法不同規定所為之聲明，惟其所據以請求之訴訟標的法律關係係源於侵害專利權而來，彼此間相依附或牽連關係存在，屬以一訴附帶請求，故不併算其價額。智慧財產法院乃據此裁定，於往後數年的實務中，均以侵害防免請求權與損害賠償請求權中訴訟標的價額為高者，作為計算裁判費之基礎。同時，為加速程序之進行，智慧財產法院於經簡單調查後，亦多半逕援用前述民事訴訟法第77條之12規定，以新台幣165萬元作為侵害防免請求權之訴訟標的價額。此舉對於避免專利侵權訴訟受無謂程序議題的不當延宕，甚具正面意義。
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然最高法院最近變更見解，於2013年4月24日作成102年度台抗字第317號裁定揭示，認為侵害防免請求權針對的是現在及將來的侵害行為，而損害賠償請求權則是針對過去已生之損害，二者間不存在主從之附帶關係，因此應合併計算其價額。此外，最高法院上開裁定中，亦認為智慧財產法院未調查並說明其無法依其調查結果核定排除侵害聲明之訴訟標的價額之理由，僅以兩造均未能提出依據為由，即認其訴訟標的之價額不能核定，並不妥當。
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於此裁定之後，智慧財產法院已改變作法，將侵害防免請求權及損害賠償請求權之訴訟標的價額合併後，計算裁判費。至於侵害防免請求權之訴訟標的價額，智慧財產法院是否會進行較為深入調查後，始援用上開民事訴訟法第77條之12規定而以新台幣165萬元為準，目前仍需觀察。
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