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債券利息所得實際被扣稅款與應納稅額之差額非屬所得稅法損益項目
2007年7月13日公布施行之所得稅法第24條之1第1項及第2項分別規定：「營利事業持有公債、公司債及金融債券，應按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入。」「依第1項計算之利息收入依規定扣繳率計算之稅額，得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。」另按所得稅法施行細則第31條之2規定：「所得稅法第24條之1第2項所稱依規定之扣繳率計算之稅額，指依公債、公司債及金融債券票面金額，按票面利率、持有期間及規定扣繳率計算之稅額。」
是以，債券交易無論採取買賣斷方式或附條件交易方式，買受人皆應以出賣人持有債券期間，依票面金額及票面利率計算之利息收入按10％扣繳率代扣出賣人利息所得之應扣繳稅額。而該出賣人則得於辦理營利事業所得稅結算申報時，以其被代扣之稅款抵減其應納稅額。
惟實務上，債券交易商與營利事業從事債券附條件交易時，係按承作金額、交易雙方約定之利率及持有期間代扣營利事業持有債券期間利息收入之扣繳稅款，致營利事業實際被代扣之稅款，與其依債券票面金額、票面利率、持有期間及10％扣繳率計算，得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除之稅額間存有差額，財政部爰以2008年6月3日台財稅字第09700211490號函釋規定，此項差額非屬所得稅法第24條規定應列入損益計算之項目。