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專利程序審查基準公布實施
經濟部於2005年5月17日公布「專利程序審查基準」，自5月20日生效。除專利法規中已明訂之程序性規定外，本基準之規定要點如下:
證明文件形式要件
依專利法及其細則所訂應檢附之證明文件，以原本或正本為之。但影本經當事人釋明與原本或正本相同者，得以影本代之。惟，舉發證據為書證影本者，應證明與原本或正本相同。
新申請案之提出
1.申請日之取得
依專利法規定，申請書、說明書及必要圖式為發明專利或新型專利取得申請日必要之文件，至於新式樣專利，則為申請書及圖說。另，說明書及必要圖式、圖說以外文本提出者，且於指定期間內補正中文本者，以外文本提出之日為申請日，未於指定期間內補正，申請案不受理。在處分前補正者，以補正之日為申請日。說明書及必要圖式、圖說以外文本提出者，該外文說明書至少應載有發明名稱、發明說明及申請專利範圍三項資料；外文圖說則至少應載有新式樣物品名稱及圖面二項資料，否則，無法以其提出之日認定有申請日。說明書使用中文簡體字者，應通知補正，但不影響申請日之取得。
2.說明書
說明書有部分缺頁或圖式有部分缺漏之情事者，若該部分缺頁或缺漏已見於據以主張優先權之先申請案所揭露的內容者，允許申請人補送完整之說明書、圖式，並以原申請日為申請日。申請人如認為缺頁或缺漏部分是不需要的，可申復所缺漏是不必要的，重新檢附說明書，並保留原申請日。惟，是否因此而影響專利要件，將於實體審查審理。
申請書及說明書上所載名稱與說明書上所載名稱不一致時，申請人未依限補正或陳述意見者，應以說明書所記載者為準。
3.必要圖式
圖式應參照工程製圖方法繪製且呈現出之內容應該清晰，否則，將作成下列處理：
(1)圖式不清晰者，將通知補正，屆期未補正者，申請案不予受理。
(2)圖式清晰但未參照工程製圖方法繪製者，將通知補正，屆期未補正者，其為發明案者，仍依法進入早期公開作業程序，該申請案如有申請實體審查，將於實體審查時處理；其為新型案者，將處分該新型申請案不受理。
指定代表圖原則上以1個為準。但因個別技術內容的差異，則可超過1個。未指定代表圖或未繕寫代表圖之元件符號簡單說明者，將通知補正，屆期未補正者，仍進行公開作業。
4.申請權證明文件
專利申請案如因受讓而變更申請人名義者，應檢附受讓專利申請權之契約書或讓與人出具之證明文件；如因公司併購而承受，應檢附併購之證明文件；如因繼承而變更名義者，應檢附死亡及繼承證明文件。因發明人拒絕簽署、生病、死亡或無法聯絡等問題，致無法取得發明人簽署之申請權證明書時，可採取檢附切結書或相關證明文件代之。
申請人所檢附文件如為發明人簽署同意讓申請人就所涉發明或創作向全世界各地申請之證明文件，該文件可視為申請權證明文件，毋庸另行簽署讓與申請人在我國申請之文件。
規費
有關專利申請規費退還事由限於下列事項：
1.申請人有溢繳、誤繳情事者，申請人得申請退還。
2.智慧局未能於法定處理期間內完成審查者，申請人得申請終止辦理，智慧局於終止辦理時，應退還已繳規費。
3.其他因延誤法定期間，依專利法規定應不予受理者。
專利申請之撤回
撤回申請，申請人應以書面向本局提出申請，申請人為二人以上時，應由全體申請人提出。在智慧局函復准予撤回後，申請人不得請求撤銷其撤回之申請。智慧局審定（處分）後，即無撤回問題，而屬拋棄後續得據以繳費取得專利權之權利。申請實體審查之申請，不得撤回。新型專利技術報告之申請，亦不得撤回。發明專利申請案，在申請日（優先權日）15個月後申請撤回者，智慧局對於該申請案仍予以公開。
發明人變更
申請增加發明人時，應附具規費、申請書、所增列發明人簽署之申請權證明書、其他發明人簽署之同意書或由全體發明人重行簽署之申請權證明書，如有其他佐證文件亦應一併檢送。申請刪除發明人時，應附具規費、申請書、所刪除發明人簽署之聲明書聲明其確非本案發明人，如有其他佐證文件亦應一併檢送。
主張新穎性優惠期
依專利法第22條第1項規定，申請人得主張新穎性優惠期之事由，包括（1）因研究、實驗之公開，（2）因陳列於政府主辦或認可之展覽會，及（3）非出於申請人本意而洩漏者三種事由。如主張前述第（1）（2）理由主張專利新穎性優惠期者，應於其事實發生之日起6個月內申請外，並應於申請時敘明事實及其年、月、日且在指定期間內檢附證明文件，未於申請時聲明，則該主張不受理。至於主張非出於申請人本意而洩漏者，因他人未經申請人同意而洩漏者，申請人於申請時未必知悉已遭他人洩漏之事實，因此，未強制於申請時即須聲明。
國際優先權
主張優先權者，應於申請專利同時提出聲明，並於申請書中載明在外國之申請日及受理該申請之國家。惟申請人應於申請日起4個月內，檢送該國家政府證明受理之申請文件。未於申請書聲明者或逾期未補送該文件者，將喪失優先權。申請人如於前述4個月期間內檢送足資證明之優先權證明文件傳真本，並於指定期間內補正正本者，仍受理其優先權主張。申請書上倘有明顯誤記或誤繕者，得檢附證明文件，依證明文件所載之正確內容申請變更。
優先權證明文件如非紙本資料而係光碟片者，申請人須將該光碟及其電子檔案資料所印製之紙本文件一併提出。申請人所取得之電子檔案資料如係非光碟片者，則須釋明其取得電子檔案資料之來源並將電子檔案資料所印製之紙本文件一併提出。申請人所取得之光碟片，視同證明文件之正本。
延誤法定期間未檢送前述文件者，如其延誤可係因天災或不可歸責於己之事由，申請人得於原因消滅後30日內，以書面敘明理由並檢附優先權證明文件，及不可歸責於己事由之證明文件（例如外國專利主管機關出具之證明文件），申請回復原狀。但延誤法定期間已逾1年者，不得申請回復原狀。
生物材料相關發明專利
申請人於申請書上聲明係有關生物材料或利用生物材料之專利案，應檢附寄存證明文件。所涉生物材料如為所屬技術領域中具有通常知識者易於獲得者，前述規定不適用。申請前如已於本局認可之國外寄存機構寄存，而於申請時聲明其事實，並於申請日起3個月內，檢送寄存於本局指定之國內寄存機構之證明文件及國外寄存機構出具之證明文件者，不受最遲應於申請日在國內寄存之限制。
申請時未檢附證明文件經通知補正，逾限未補正者，或申請時未聲明生物材料發明專利者，視為申請時未寄存。申請時有聲明但聲明事項記載不完整或3個月內所補送之寄存文件有不齊備之情事時，程序審查時將通知補正。是否因此不予專利，由審查組認定。
如國內寄存人與申請人不同，須檢附文件證明寄存人已授權申請人於專利案中引述所寄存之生物材料，且同意該生物材料之寄存符合該申請案相關之寄存規定。
申請實體審查時，專利申請人應檢送寄存機構出具之存活證明；如發明專利申請人以外之人申請實體審查時，智慧局應通知發明專利申請人於3個月內檢送存活證明，逾限未檢送者，逕行發交審查。
再審查申請
申請再審查應於不予專利之審定書送達之日起60日內備具理由書為之，此項期間係屬法定不變期間，如逾60日始請求再審查者，應不受理。再審查申請案經審查須補正者，其補正指定期間以不超過6個月為原則，即申請文件除屬法定不能補正之事項外，通知申請人限期4個月補正，申請人無法依限補正而須展期者，應於屆期前聲明理由，申請展期。智慧局原則上准予展期2個月，逾期未補正，則處分不受理。但於該不受理處分合法送達前補正者，智慧局仍應受理。
舉發程序
提起舉發時，未敘明理由且未檢附證據者，應自提起舉發之日起1個月內補正，逾限未補正者，舉發申請應不受理，惟，如於處分前補正者仍受理。如於申請時已檢附理由、證據，事後復補充理由、證據者，應將所有理由、證據送達於被舉發人補充答辯。
發明為非專利申請權人請准專利，經專利申請權人於該專利案公告之日起2年內申請舉發，並於舉發撤銷確定之日起60日內申請者，以非專利申請權人之申請日為專利申請權人之申請日。具有上述條件之舉發人提起舉發之後，若被舉發人拋棄其專利權者，該舉發案仍應續行審理及審定。依專利法第34條規定提出之申請案，因何時撤銷確定不易得知，為免延誤真正申請權人權益，智慧局得先行受理申請案，惟何時舉發撤銷確定，申請人仍有義務通知智慧局。
審查意見之回覆期間
針對實體審查、再審查實體審查之通知補充修正期間及延展次數將統一規定如下：
1.發明及新式樣
不論本國人、外國人一律規定申復、補正期限為60日，並得於指定期間屆滿前，載明理由向本局申請延展，延展一次(60日)為限。
2.新型
不論本國人、外國人一律規定申復、補正期限為30日，並得於指定期間屆滿前，載明理由向本局申請延展，延展一次(30日)為限。